Em tempos idos existiu uma igreja da invocação de S. Cristóvão no local onde hoje existe a igreja de S. Bartolomeu, nos arrabaldes, passando o culto para a área intramuros possivelmente a seguir à reconquista cristã de Coimbra, em 9 de Julho de 1064.
Nos princípios de séc. XII vieram de França uns religiosos, cujo prelado se chamava João, de alcunha Peculiar ou Ovelheiro, os quais obtiveram licença do conde D. Henrique para fundar huma booa casa de religiosos em Sam Christovam, onde vivessem em comunidade segundo a regra de Santo Agostinho. Este D. João Peculiar é o mesmo que depois, sendo arcebispo de Braga, teve grandes desavenças com os bispos de Coimbra D. Bernardo e D. João Anaia, chegando a cometer desacatos na igreja de S. João de Almedina. No post Igreja Colegiada de S. Cristóvão - II, pode ler-se a descrição da igreja por Joaquim da Silva Pereira e ver uma reconstrução virtual do interior desta.
Antes da demolição desta vetusta igreja, por volta de 1860, para ser transformada num Teatro, Luiz Augusto Pereira Bastos desenhou o frontispício da igreja, António Francisco Barata guardou a planta do edifício e Joaquim de Mariz Júnior desenhou os capiteis. Já o conde da Graciosa recolheu nas suas propriedades do Luso e da Graciosa alguns capiteis e outros ornatos provavelmente destinados a avolumar as paredes do teatro. (PEREIRA, Joaquim da Silva, Coimbra Gloriosa, 1783, SIMÕES, Augusto Filippe, Reliquias da Architectura Romano-Bizantina em Portugal, 1860)
Em 2002, no contexto da empreitada de recuperação de um imóvel sito na Rua Joaquim António de Aguiar nº 26 a 28, uma equipa da Câmara Municipal de Coimbra constituída pelo Dr. Sérgio Madeira e pela Drª. Antónia Lucas da Silva, procedeu ao acompanhamento arqueológico dos trabalhos de construção civil. Nessa empreitada foi detetado um cunhal composto por pedras de grandes dimensões que integraria "um anexo do lado norte da igreja, correspondente, talvez, a um ou vários espaços documentados como seja uma casa de religiosos da regra de Santo Agostinho ou uma albergaria chamada de S. Cristóvão, para além de uma eventual capela ou sacristia" [Vestígios arqueológicos na Alta de Coimbra, (Sérgio Madeira), "Arquivo Coimbrão", Volume XL, Coimbra, CMC, 2008, p. 451-456]
